make.opendata.ch Research Hackdays: OpenSNP
Am 5./6. Juni 2015 finden in Zürich und Lausanne die make.opendata.ch Research Hackdays statt. In diesem Zusammenhang stellen wir hier im Vorfeld diverse offene Datensätze vor, welche vor Ort durch motivierte Programmierer und Designer, Forscher und Journalisten, Experten und Laien dann angepackt werden.
Heute: openSNP, eingeführt durch Dr. Ulrich Genick vom Institute of Molecular Systems Biology der ETH Zürich. Tauchen wir also ein in die Welt der persönlichen Gendaten:
Ähnlich wie in Computer Dateien, in denen die Information in einer linearen Sequenz von Einsen und Nullen gespeichert ist, ist die genetische Information in einer Abfolge von vier sogenannten Basen (“A”, “T”, “G” und “C”) gespeichert. Die gesamte genetische Information eines Menschen (das Genom) besteht aus 6 Milliarden solcher Basen.
Wenn man die Genomsequenz zweier Menschen miteinander vergleicht, stellt man fest dass die beiden Sequenzen zu einander >99.9% identisch sind. Aber es gibt Unterschiede. Wo eine Person ein “A” hat, hat vielleicht eine andere ein “G”. Solche kleinen Veränderungen werden als SNPs bezeichnet. Es sind überwiegend diese SNPs die die genetischen Unterschiede zwischen verschiedenen Menschen ausmachen. SNPs bestimmen ob wir glatte oder lockige Haare und helle oder dunkle Haut haben. Sie bestimmen, zusammen mit anderen Faktoren (z.B. Ernährung, etc.) auch welches Risiko wir für bestimmte Krankheiten haben.
Durch rasante technische Entwicklungen ist es nun möglich geworden in einem einzigen Test fast die gesamte Liste der SNPs eines Menschen zu bestimmen. Solche Tests kosten nur noch wenige hundert Schweizerfranken und liefern der getesteten Person einen Datensatz den man gemeinhin als persönliche Genomdaten bezeichnet.
Wozu benutzt man Genomdaten?
Genomdaten können für viele verschiedene Zwecke genutzt werden. Zum einen kann eine Person anhand der Genomdaten bestimmte Gesundheitsrisiken abschätzen oder die Ernährung auf persönliche Stoffwechselbedürfnisse abstimmen. Andererseits ist es möglich aus seinen Genomdaten Informationen über seine genetische Abstammung zu gewinnen.
Was ist openSNP?
OpenSNP ist eine Webseite auf der Individuen die über ihre eigenen Genomdaten verfügen, diese Daten öffentlich machen und der Forschung zur Verfügung stellen können. Anders als viele andere Forschungsdaten wurden die openSNP Daten nicht zentral von einem Forscherteam erfasst und dann öffentlich gemacht. Stattdessen haben die openSNP Mitglieder ihre Daten in Eigeninitiative erstellen lassen.
Challenges!
Die zwei grössten Herausforderungen für die openSNP community sind zum einen die eigenen Genomdaten mit der extrem umfangreichen wissenschaftlichen Literatur zu Zusammenhängen zwischen genetischen Veranlagungen und persönlichen Eigenschaften bzgl. Gesundheit, Fitness, Ernährung etc. zu verknüpfen. Die andere Herausforderung besteht darin einen Mechanismus zu entwickeln durch den die Mitglieder gemeinsam Forschung mit ihren eignen Daten betreiben können. Dazu bräuchte man eine Plattform auf der Teilnehmer ihre Genomdaten mit persönlichen Eigenschaften (Phänotypen) verknüpfen könnten um so die genauen genetischen Eigenschaften zu bestimmen die diese Eigenschaften hervorrufen. Die wissenschaftliche Fragen der Datenanalyse sind bereits geklärt. Die Herausforderung besteht viel mehr in der Entwicklung von nutzerfreundlichen Plattformen die diese Analysen integrieren.
Klingt spannend? Jetzt anmelden für die make.opendata.ch Research Hackdays!
Opendata.ch/2015
Am Mittwoch, 1.Juli 2015 findet die jährliche Opendata.ch/2015 Konferenz an der Uni Bern statt! Es werden mehrere hundert Teilnehmerinnen und Teilnehmer erwartet, hochkarätige Speaker und intensive Workshops!
Melden Sie sich jetzt via Eventbrite für die Konferenz an und erfahren Sie mehr zum Programm auf Opendata.ch/2015.
make.opendata.ch Research Hackdays 2015
Am 5. und 6. Juni 2015 lädt Opendata.ch alle experimentierfreudigen Forscher und Fachleute, Designer, Programmierer, Journalisten und andere Kreative zu den make.opendata.ch Research Hackdays in Zürich und Lausanne ein. Gegenstand des zweitägigen Kreativ-Events werden offene Forschungsdaten aus verschiedensten Wissenschaftsbereichen sein – und die Frage, wie sich das riesige Potential von Open Data auch in der Forschung realisieren lässt.
Im Rahmen des Projekts Open Research Data des Programms SUK-P2 der Schweizerischen Universitätskonferenz wird mit openresearchdata.ch die erste Publikationsplattform für offene Forschungsdaten der Schweiz realisiert. An den Hackdays bietet sich erstmals die Möglichkeit, Funktionsweise und Angebot der Plattform im Detail kennen zu lernen. Ausserdem werden die am Projekt partizipierenden Institutionen (FORS, Digital Humanities Lab der Universität Basel, ETH SIS/ Swiss Institute of Bioinformatics) und weitere Teilnehmer aus dem Forschungsumfeld spannende Datensätze aus ihren Wissenschaftsbereichen zur freien Verfügung bereitstellen, bereit für den weiteren kreativen und wissenschaftlichen Einsatz
Die Teams von openresearchdata.ch und Opendata.ch bitten deshalb, sich den folgenden Termin sowie die Koordinaten vorzumerken und freuen sich auf rege Teilnahme:
- Wann: 5. und 6. Juni
- Wo: Parallel in Lausanne (FORS) und Zürich (ETH Zentrum)
- Anmelden: Via Eventbrite kann man sich kostenlos für die Hackdays registrieren
- Mehr Information: http://make.opendata.ch & www.openresearchdata.ch
“Forschung ist die Kunst, den nächsten Schritt zu tun.” (Kurt Lewin, deutsch-amerikanischer Psychologe)
Machen Sie mit uns den nächsten Schritt in Richtung offene Forschungsdaten.
Spielerischer Zugang zum digitalen Kulturgut dank offenen Kulturdaten und moderner Technik
Am 27./28. Februar fand der erste Schweizer Kultur-Hackathon in der Schweizerischen Nationalbibliothek in Bern statt. Gemeinsam Neues entwickeln: Das war das Ziel der über 100 Programmierer, Künstler, Wissenschaftler aus den Digital Humanities, Wikipedianer, Archivare und Bibliothekare, die auf Initiative der Arbeitsgruppe OpenGLAM.ch in Bern zusammengekommen sind.
Nicht zuletzt dank dieser unterschiedlichen Blickwinkel haben die Teilnehmenden dazu beigetragen, die von 20 Schweizer Gedächtnisinstitutionen zur Verfügung gestellten Daten auf ganz neue Art und Weise zu präsentieren. Aus den rund 20 entstandenen Projekten und Applikationen haben wir im Folgenden ein paar Beispiele ausgewählt:
Im Projekt Diplomatic Documents and Swiss Newspapers in 1914 haben Programmierer, Wissenschaftler und Archivare Datensätze aus der DODIS-Datenbank und dem Le Temps Historical Archive miteinander verknüpft und die Zusammenhänge auf einer Karte visualisiert.
Polizeibilder der Heimatlosen des Lithographen Carl Durheim (1810-1890), aus dem Beständen des Schweizerischen Bundesarchivs, waren Thema mehrerer Projekte. Beispielsweise haben die Macher von Picture this einen Bilderrahmen erfunden, der mit dem Zuschauer interagiert. Das im Bildrahmen angezeigte Bild eines Heimatlosen reagiert auf den Blick des Besuchers. Je länger man das Bild betrachtet, desto mehr Informationen erscheinen zur Fotografie. Beispielsweise zeigt das Programm den Namen der Person oder ihren Geburtsort an. Hat man genug Geduld, ersetzt die Anwendung das Gesicht in der Fotografie durch das eigene Gesicht. Möglicherweise soll damit die Empathie mit den abgebildeten Personen symbolisiert werden?
Schweizer Kleinmeister: An Unexpected Journey zeigt die wertvolle Gugelmann-Sammlung der Nationalbibliothek aus einem ganz neuen Blickwinkel. In einem dreidimensionalen Raum sind die Bilder nach Sujets, Maltechniken und Autoren organisiert. Das Projekt wird in einem Video vorgestellt und lädt zu einer Entdeckungsreise ein.
Für die Wikimedia Plattformen wurden ebenfalls diverse Projekte realisiert. Eine Gruppe der Teilnehmenden korrigierte und ergänzte die Liste dernationalen Sehenswürdigkeiten auf Wikidata, der semantischen Datenbank von Wikipedia. Im Rahmen eines weiteren Projekts wurden historische Fotos der Stadt Zürich auf Wikimedia Commons veröffentlicht. Diese und ähnliche Daten aus Wikidata haben schliesslich die Macher der unendlichen Geschichte inspiriert.
Zahlreiche weitere Projekte sind in den zwei Tagen des Hackathons realisiert und von den Teilnehmenden dokumentiert worden. Das gemeinsame Erlebnis, die Zusammenarbeit und der Erfahrungsaustausch standen im Zentrum des Hackathons. Ein Grossteil der Teilnehmenden hat zum ersten Mal an einem Anlass dieser Art beigewohnt und allem voran wurde die kreative und sympathische Atmosphäre äusserst geschätzt. Gleichzeitig war der Anlass ein Beispiel für die erfolgreiche Zusammenarbeit zwischen den Gedächtnisinstitutionen und der Open Data Community. So konnten gute Voraussetzungen geschaffen werden, um der interessierten Öffentlichkeit einen spielerischen Zugang zu Schweizer Kulturschätzen zu ermöglichen.
Weitere Informationen, eine Presseschau sowie Bilder der Veranstaltung finden sich im Wiki des Hackathons. Das Organisationskomitee ist unter der E-Mail hackathon2015@openglam.ch erreichbar.
Autoren: Claudia Lienhard, Simon Meyer et Frédéric Noyer
#FlashHacks: #MaptheBanks in Zürich
UPDATE: Lesen Sie den NZZ-Artikel zum Thema.
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Veranstaltungshinweis: Mit grosser Freude laden OpenCorporates, Open Data Zürich und Opendata.ch euch am 3. Februar 2015 zum ersten #FlashHacks Event in Zürich, bei Liip, ein.
Und nun ein paar Infos für all diejenigen unter euch, die sich noch nichts Genaueres unter einem #FlasHacks vorstellen können: Das ist eigentlich nichts anderes als ein Flash Mob für Coders. Als Mini-Hack veranstaltet, dreht sich beim #FlashHacks alles um Datensets von Firmen. So findet jeder #FlashHacks zu einem unterschiedlichen Thema statt: Am 03.02.2015 tauchen wir gemeinsam in die globale Finanzwelt ein und widmen uns dem Projekt #MaptheBanks. #MaptheBanks hat zum Ziel, Daten zum Finanzsektor zu sammeln, zugänglich zu machen und zu verzeichnen. Motiviert dazu sind wir aufgrund der folgenden Tatsache: “The financial crisis cost the world more than 10 trillion dollars. Before we can disrupt the industry, we need to map it. The financial crisis revealed the damage done by our lack of understanding of the influence and size of banks and financial companies.”
Nun wollen wir gemeinsam anpacken, um Daten zu jeder Bank der Welt zu sammeln und gemeinsam hin zu einem besseren Bankensystem zu arbeiten, welches der Gesellschaft dienlich ist.
Komm vorbei, am 3. Februar 2015 bei Liip in Zürich, ab 16:00Uhr.
Bring deinen Laptop, dein Ladegerät sowie jede Menge Enthusiasmus und gute Laune mit. Und dieser Event ist nicht nur für Coders: Genauso willkommen sind alle anderen, die dabei helfen können, Geschichten zu den Daten zu erzählen oder diese zu visualisieren. Und auch wenn du nur kurz vorbeischauen magst: Es lohnt sich, ergreife diese einmalige Gelegenheit.
Für den Event registrieren kann man sich kostenlos via Eventbrite. Die Platzanzahl ist begrenzt.
